隨著中草藥研究進一步加深入，研磨處理中草藥后就需要將中草藥中的有效成分進行分離和提取。根據(jù)不同的中草藥中的有效成分和活性成分不同而對應(yīng)的選擇不同的提取方法。

　　索式提取適用于溶解度較小的物質(zhì)等。目前常用的是溶劑提取法，根據(jù)中草藥中各種成分在溶劑中的溶解性質(zhì)，選用對待提取成分溶解大，對不需要溶出成分溶解度小的溶劑，從而將有效成分從藥材中提取出來。選擇的溶劑通過擴散、滲透作用進入到藥材細胞中，溶解了可溶物質(zhì)并造成了細胞內(nèi)外濃度差導(dǎo)致細胞溶液不斷向外擴散。溶劑按極性可分為三類：親脂性溶劑，極性小并介電常數(shù)小；親水性溶劑，極性較大并介電常數(shù)較大；水溶劑，極性大并介電常數(shù)大。

　　通過上述的提取之后得到的提取物仍然是個混合物，需要進一步除去雜質(zhì)，并進行分離。具體的方法隨著中草藥的性質(zhì)不同而異。其中兩相萃取法則為其中直接的辦法。利用混合物中各成分在兩種互不相溶的溶劑體系中分配系數(shù)的不同而達到分離。萃取前將萃取溶劑和混合物進行充分的混合，然后靜置等待分層。在充分混合過程中，以前往往使用手搖的方式，不僅浪費人力而且會有不能充分混合的現(xiàn)象，采用分液漏斗振蕩器，上下強力振動方式，得到更大的混合效果，釋放了研究人員的精力。適用于化學(xué)、制藥、醫(yī)學(xué)實驗室水質(zhì)分析所需的溶劑提取、有機溶劑提取、土壤成分提取等。